19.02. - 21.02.2019
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Protein-Ligand Docking und Virtual Screening für Einsteiger

Protein-Ligand Docking und Virtual Screening für Einsteiger

Den Teilnehmern dieses Kurses wird ein Überblick über aktuell in der Forschung verwendete theoretische Konzepte und Lösungsoptionen zur Beschreibung der Interaktion biologischer Makromoleküle mit kleinen organischen Verbindungen gegeben. Dabei wird der Schwerpunkt auf die Behandlung von globulären Proteinstrukturen als makroskopischer Interaktionspartner gelegt. Wir werden versuchen, für eine Proteinstruktur potentielle Bindetaschen für einen Liganden und innerhalb dieser dessen wahrscheinlichste Orientierung und Konformation zu finden. Die Einflüsse unterschiedlicher Bewertungsfunktionen auf die Resultate unserer Docking-Ansätze werden untersucht. Insgesamt kommt dabei der Visualisierung der Komplexgeometrien und ihrer Oberflächen eine besondere Bedeutung zu. Ein weiterer Schwerpunkt des Kurses liegt in der automatisierten Behandlung einer großen Zahl möglicher Liganden in Form eines virtuellen high-throughput Screenings einer zu erstellenden Substanzbibliothek. Es werden hierzu Möglichkeiten vorgestellt, wie man auf einfache Art und Weise eine Vielzahl von Berechnungen automatisiert vorbereiten, durchführen und analysieren lassen kann.

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